Phí Cao Vân sinh ngày 6 tháng 8 năm 1971 tại địa cấp thị Hoài An, tỉnh Giang Tô, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Ông lớn lên và tốt nghiệp cao trung ở Hoài An, thi cao khảo vào năm 1989 và đỗ Học viện Công Dương Châu, nay là Đại học Dương Châu, tới địa cấp thị này nhập học hệ công trình và khoa học điện tử vào tháng 9 cùng năm và tốt nghiệp cử nhân chuyên ngành kỹ thuật vô tuyến điện vào tháng 7 năm 1993.[1] Sau đó gần 10 năm, từ tháng 3 năm 2002, ông tham gia chương trình cao học tại chức về quản lý công cộng ở Trường Quản lý công cộng thuộc Đại học Nam Kinh, nhận bằng thạc sĩ chuyên ngành này vào tháng 12 năm 2004. Ông từng được chính quyền địa phương cử đi học các khóa bồi dưỡng huấn luyện như khóa quản trị kinh doanh và quản lý công cộng của Dương Châu vào tháng 6–9 năm 2005, khóa nghiên cứu kinh tế dành cho nhân tài quản lý cấp cao của tỉnh Giang Tô từ tháng 11 năm 2009 đến tháng 1 năm 2010, tất cả đều tại Mỹ. Phí Cao Vân được kết nạp Đảng Cộng sản Trung Quốc vào tháng 12 năm 1992 tại trường Dương Châu.[1]